Кирха была построена в XIV в. из необработанных валунов с кирпичными углами. В конце XVII в кирхе была установлена крестильная капелла с позолоченной резьбой. Во время Второй мировой войны кирха подверглась артиллерийскому обстрелу и получила повреждения. До 1963 г. кирха использовалась как клуб с кинозалом (в башне находилась киноустановка, а на месте алтаря - экран). Был произведен ремонт кровель и пристройки. Затем ее стали использовать под склад. С 1964 г. кирха была взята на учет Всероссийским обществом охраны памятников как памятник архитектуры. Из-за пожаров состояние кирхи сильно ухудшилось.
В 1991 г. Нойхаузен была передана Новоапостольской общине. За полтора года она была отреставрирована литовскими строителями. И в декабре 1993 г. состоялось открытие кирхи.
В конце 2023 г. начались работы по созданию в кирхе концертно-музейного комплекса "Кирха Нойхаузен". На данный момент посещение кирхи и прилегающей территории невозможно.